Il Rifugio Zoia fu costruito nel 1929, grazie ai fondi donati al Club Alpino Italiano - Sez. di Milano, dalla signora Adriana Zoja Panizza, in ricordo dei figli Raffaello e Alfonso Zoja, morti sulle rocce del Gridone il 26 settembre del 1896.

Da subito, il Rifugio Zoia fu considerato un punto di passaggio fondamentale per tutti gli alpinisti diretti verso il Gruppo del Bernina, rappresentando la prima tappa successiva all'abitato di Lanzada (circa 3-4 ore di cammino), dove all'epoca terminava la strada carrabile.

Negli anni '50 - '60, la realizzazione delle dighe di Campo Moro e di Campo Gera rese necessaria la costruzione di una strada carrabile che raggiungesse entrambe le località, di conseguenza anche il Rifugio Zoia divenne raggiungibile dagli automezzi.

Questi fatti generarono una parziale trasformazione del ruolo del Rifugio Zoia, che diventò un vero e proprio campo base per gli alpinisti.

Contestualmente, grazie alla sua comodità, il Rifugio Zoia divenne sempre più meta di famiglie e di escursionisti di bassa montagna.

A partire dal 1980, il Rifugio Zoia fu affidato in gestione alla Guida Alpina Ignazio Dell'Andrino, che con la moglie Giuseppina e i figli Sergio e Cinzia, ha gestito il rifugio per oltre 25 anni.
Durante questo periodo il Rifugio è diventato famoso per la sua cucina, a base di piatti tradizionali Valtellinesi, preparati con le ricette di casa e per l'ospitalità della famiglia Dell'Andrino.

Nel 2006 il Rifugio Zoia è stato venduto dal CAI, ed è oggi di proprietà di Fabio Bergomi, che con la moglie Cinzia (figlia di Ignazio e Giuseppina) e il figlio Emanuele, gestisce il rifugio continuando la lunga tradizione di famiglia.